簡単にDBを操作できるPHPライブラリ「idiorm」で、SQLite3のDBをバキュームする方法です。
以下のようなPHPコード実行すると、DBをバキュームすることができます。
//idiorm読み込み!
require_once dirname(__FILE__).'/lib/idiorm/idiorm.php';
//DBファイル読み込み!
$db_path = dirname(__FILE__).'/db/hogege.db';
ORM::configure('sqlite:'.$db_path);
//vacuum実行!
ORM::raw_execute('vacuum');
以上!